Die Bildungsstätte Anne Frank arbeitet im Kooperationsverbund gegen Antisemitismus. Im Kooperationsverbund arbeiten zudem fünf weitere Organisationen:
- Anne Frank Zentrum e. V. (koordinierende Organisation)
- Bundesverband der Recherche- und Informationsstellen Antisemitismus e. V.
- Kompetenzzentrum für antisemitismuskritische Bildung und Forschung (KOAS) in Trägerschaft der Zentralwohlfahrtsstelle der Juden in Deutschland e. V.
- Kreuzberger Initiative gegen Antisemitismus e. V. (KIgA e. V.)
- Zentralrat der Juden in Deutschland
Eine Übersicht der geförderten Kooperationsverbünde bietet die Seite "Kooperationsverbünde und Themen".