Das Anne Frank Zentrum arbeitet im Kooperationsverbund gegen Antisemitismus unter gleichnamigem Projekttitel als koordinierende Organisation. Im Kooperationsverbund arbeiten zudem fünf weitere Organisationen:
- Bildungsstätte Anne Frank e. V.
- Bundesverband der Recherche- und Informationsstellen Antisemitismus e. V.
- Kompetenzzentrum für antisemitismuskritische Bildung und Forschung (KOAS) in Trägerschaft der Zentralwohlfahrtsstelle der Juden in Deutschland e. V.
- Kreuzberger Initiative gegen Antisemitismus e. V. (KIgA e. V.)
- Zentralrat der Juden in Deutschland
Eine Übersicht der geförderten Kooperationsverbünde bietet die Seite "Kooperationsverbünde und Themen".